Neuer Prozessor beschleunigt britische Genomanalyse

The Genome Analysis Centre (TGAC) ist das erste britische
Institut, das den neuen Bioinformatik-Prozessor DRAGEN(TM) einsetzt,
der die Genom-Verarbeitungszeiten von Stunden auf Minuten verkürzt.
Die Zusammenarbeit zwischen Edico Genome und TGAC führte zur ersten
Übernahme der DRAGEN-Technik zur Analyse nicht-menschlichen Genoms
als Teil des Bestrebens, die DNS von Pflanzen, Tieren und Mikroben zu
sequenzieren, um eine nachhaltige Biowirtschaft zu fördern.

Norwich, England Und San Diego (ots/PRNewswire) - Die
High-Performance-Computing-Infrastruktur (HPC) von TGAC wird von der
Hinzunahme von Edico Genomes DRAGEN
[http://www.edicogenome.com/dragen/](TM), profitieren, dem weltweit
ersten Prozessor speziell zur Analyse bestimmter Daten bei der
Sequenzierung. DRAGEN wird TGACs Sequenzierungen der nächsten
Generation beschleunigen.

Logo - http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788
[http://photos.prnewswire.com/prnh/20140716/127788]

Erste Bewertungen von DRAGEN zeigen, dass die Kartierung des
Genoms der Esche 177 mal schneller pro Verarbeitungskern war als
TGACs lokale HPC-Systeme. Bei einem der größeren Datensätze wurden
nur 7 Minuten statt 3 Stunden benötigt. Alignierungen des Reisgenoms,
die auf den HPC-Servern von TGAC ca. 2 Stunden benötigen, dauerten
mit DRAGEN nur drei Minuten.

Projektleiter Dr. Tim Stitt, Leiter des Scientific Computing bei
TGAC, sagte: "Wir sind höchst erfreut darüber, der erste Kunde von
Edico Genome für DRAGEN in Großbritannien zu sein. Wir haben große
Erwartungen an diese bahnbrechende Technik, unsere Mission zur
Förderung einer nachhaltigen Biowirtschaft und Sicherung der
Nahrungsmittelversorgung in Großbritannien voranzubringen.

Speziell sind wir höchst interessiert daran zu sehen, wie DRAGEN
das Weizengenom handhabt, das fünfmal so groß ist wie das menschliche
Genom und zudem weitaus komplexer. Weizen ist für mehr als 35 % der
Weltbevölkerung ein Grundnahrungsmittel. Die Prognose lautet, dass im
Jahr 2050 9 Milliarden Menschen auf der Erde leben.

Das Verständnis der Genombausteine des Weizens und von deren
Diversität ermöglicht bessere Informationen für den Weizenanbau zur
Steigerung der Erträge. Dies gilt speziell in Regionen, in denen der
Weizen Krankheiten und Trockenheiten ausgesetzt ist. Es liegt auf der
Hand, dass dies so schnell wie möglich geschehen sollte, und DRAGEN
ist auf dieser Mission eine große Hilfe.

Die Alignierung mit Referenzgenomen ist eine fundamentale Aufgabe,
der die Forscher von TGAC sich täglich stellen. Dank der
Zusammenarbeit mit Edico Genome wird das DRAGEN-System über
optimierte Genom- und Transkriptomanalysepipelines verfügen.

TGAC ist stolz darauf, neue und disruptive Technik in die Hände
der Biowissenschaft zu legen. Unsere Zusammenarbeit mit Edico Genome
ist ein weiterer Beleg unserer führenden Stellung in diesem Bereich."

Der Bio-IT Prozessor DRAGEN ist auf einer PCIe-Karte integriert
und auf einem vorkonfigurierten Server erhältlich, was nahtlose
Integration in die Abläufe der Bioinformatik ermöglicht. DRAGEN ist
in hohem Maß rekonfigurierbar. Ein Field Programmable Gate Array
(FPGA) liefert hardware-beschleunigte Implementierungen von
BCL-Konversion, Kompression, Kartierung, Alignierung, Sortierung,
Markierung von Duplikaten, Haplotyp-Variantenbenennung und
gemeinsamem Genotyping.

Das DRAGEN-System ist somit deutlich schneller als herkömmliche
Ansätze, die algorithmische Einbettungen in Software ausführen. In
einer kürzlich in der Fachzeitschrift Genome Medicine
[http://www.genomemedicine.com/content/7/1/100] publizierten Studie
verkürzte DRAGEN die Analyse eines ganzen Genoms von 22,5 Stunden auf
41 Minuten bei einer Sensibilität und Spezifizität von 99,5 %. Solche
Effizienzgewinne könnten aufgrund der großen Mengen der Genomdaten,
die am TGAC verarbeitet werden, einen enormen Unterschied ausmachen.
Sequenzalignierung ist hier für viele Sequenzierungsprojekte
entscheidend.

"Unsere Zusammenarbeit mit dem TGAC, einem der großen Namen im
Bereich der Genomik mit einem der größten einschlägigen Rechenzentren
Europas, ist ein gutes Beispiel für den Nutzen von DRAGEN für
Sequenzierungszentren", sagte Pieter van Rooyen
[https://www.youtube.com/watch?v=aAUzg5Hzigw], Ph.D., der CEO von
Edico Genome. "Wir freuen uns auf die weitere Zusammenarbeit mit
Forschern und Ärzten auf der ganzen Welt, die schnell und
kostengünstig und ohne Kompromisse bei der Genauigkeit
Sequenzierungsdaten der nächsten Generation analysieren müssen."

Hinweis an Redakteure

1. Die Hardware-Modifizierungen wurden durch Techniker von Edico Genome
ausgeführt und basieren auf eigenen Tests mit von TGAC bereitgestellten
Datensätzen. Diese Tests ermöglichten die Anpassung an Datensätze, die
nicht vom Menschen stammen.
2. Die DRAGEN-Technik hat akkurate Analyse von mehr als 50 menschlichen
Gesamtgenomen (von FASTQ bis VCF) in weniger als einem Tag gezeigt. TGAC
plant die Einbettung des Systems in die existierende HPC-Plattform als
Ressource im Batch-Verarbeitungssystem.

Über TGAC

The Genome Analysis Centre (TGAC) ist ein Forschungsinstitut, das
sich darauf konzentriert, modernste Genomik und Bioinformatik zu
nutzen, um Forschung an Pflanzen, Tieren und Mikroben für eine
nachhaltige Biowirtschaft voranzubringen. Das TGAC ist ein Zentrum
der innovativen Bioinformatik, das sich der Erforschung, Analyse und
Interpretation multipler, komplexer Datensätze widmet. Das TGAC ist
Heimstatt eines der größten Rechenzentren der Biowissenschaft
Europas.

Über Edico Genome

Edico Genome hat mit DRAGEN(TM)
[http://www.edicogenome.com/dragen/dragen-bio-it-platform/] den
weltweit ersten Bioinformatikprozessor zur Analyse der
Sequenzierungsdaten der nächsten Generation geschaffen. Die Nutzung
der Sequenzierung der nächsten Generation wächst mit beispielloser
Geschwindigkeit und erzeugt Bedarf für Technik, welche diese enormen
Datenmengen schnell und akkurat verarbeiten kann. Die
Rechnerplattform von Edico Genome hat gezeigt, dass sie
Gesamtgenom-Datenanalysen bei hoher Genauigkeit und geringeren Kosten
von Stunden auf Minuten reduzieren kann, was Ärzten und Forschern
schnellere Antworten ermöglicht. Weitere Informationen erhalten Sie
unter www.EdicoGenome.com [http://www.edicogenome.com/] oder folgen
Sie @EdicoGenome.

Web site: http://www.edicogenome.com/

Pressekontakt:
KONTAKT: Hayley London, Marketing & Communications Officer, The
Genome Analysis Centre (TGAC), +44 (0)1603 450107,
Hayley.London@tgac.ac.uk; Gavin Stone, Vice President, Marketing,
Edico
Genome, +1-858-699-1212, gavins@edicogenome.com; Monica May für Edico
Genome, Canale Communications, +1-619-849-5383, monica@canalecomm.com